Слышал на фрумах говорят, что если неправильно прошиты фьюзы, устройство будет работать некоректно. Что это такое и как их прошивать?

Фъюзы (Fuse) это конфигурационные биты, в зависимости от них задаються глобальные начальные установки работы устройства.

Примеры ...биты задающие работу от кварца, RC цепи, или встроенного RC генератора на разных частотах. Надо же выбрать както от какого тактового источника будет работать МК.
Режимы вотчдог (wathdog) таймера также часто конфигуряться в фъюз битах.
Прочие радости жизни, например откуда мы его будем прошивать с JTAG или параллельный или последовательный?

Вобщем всякие такие подобные вещи, конкретнее надо брать даташит и прочитать хоть про один мк.