А зачем использлвать ещё таймеры ведь они должны генерировать частоту только для светодиода и можно просто поставить транзисторный ключ и подключить больше диодов.

Извиняюсь я не так вас понял .Ну, а зачем вы тогда задали вопрос если сами знаете ответ?

Так ведь я спросил:
Может ли таймер работать параллельно с выполняемой программой?

Конечно.

anar, можно ещё вопрос по поводу вашего кода: я залил его в мк, но я не совсем понимаю что он должен делать, я подключил к выходу B1 светодиод, я так понимаю B1 это физический выход таймера, подключил кнопку к C1 но ничего не происходит.
Не могли бо вы по подробнее рассказать о том как функционирует код.

Все очень просто.Таймер 1 в режиме counter(счетчика), то есть он считает импульсы приходящие на вход T1, когда значение счетчика достигнет 1, то есть он посчитает 2 импульса, логический уровень на выхоте OC1A изменится на противоположный.Соберите все по схеме, что я привел внизу.Возможно у вас возникнут проблемы с дребезгом, тогда значение compar1a придется увеличить.Этот код я привел, чтобы вы лучше поняли работу таймера.

Artem
У вас все получилось?

Да у меня всё получилось, но не сразу. С начала я пренебрёг дребезгом контактов и не поставил резистор, в сочетании с микропереключателем с лапкой это дало не понятный эффект: программа вроде бы работала, но светодиод постоянно мерцал, и срабатывания были не уверенными, затем я попытался изменить значение Comparea1 в большую сторону тогда задержкки между миганием светодиода становились больше, а кнопка почти не влияла на работу, затем я поставил значение 0.5, компилятор не выдал ошибки и я загрузил код, светодиод перестал светиться, но и всё программа перестала работать.
Затем я всё таки поставил резистор, предохраняющий от дребезга, дела пошли лучше, хаотичное мерцание и ложные срабатывания прекратились, однако всё равно в некоторые моменты срабатывание не происходит, но это как я понимаю из-за самого переключателя, надо будет поставить простую кнопку.
Сейчас попробую увеличить значение Comparea1 посмотрим что будет.
И огромное вам спасибо

Я вас поправлю резистор не защищает от дребезга,он, так сказать выдает 100% низкий логический уровень на входе мк.Не понятно ?Тогда объясню подробно.Например если использовать транзистор, как ключ, то его базу надо подтянуть на землю резистором,этот резистор запирает транзистор при отсуствие сигнала.

Всё понятно, кода, я только начанал работать с электроникой, в одной из книг был описан транзисторный ключ, я никак не мог его собрать, провёл кучу экспериментов, и затем мне удалось, но я всё же не понимал зачем подтягивать базу к земле, теперь всё ясно, спасибо.

от дребезга кнопки он не защищает, он увеличивает ширину (или долготу?) сигнала приходящего на базу, уменьшая его потенциал (каждый сталкивался с этим в метро)(а чтобы не уменьшить? 5вольт для открытия транзистора много).
и если ширина увеличится в три раза, то три дребезга база примет за один.

А нельзя ли как-то справиться с дребезгом программно, а то резистор не всегда спасает

Обычно добавляют паузы, но в вашем случае лучше увеличить значение compare1a.
(Добавление)

anar, я до сих пор не понимаю что отвечает за количество нажатий на кнопку, то есть как сделать так что бы для включения светодиода нужно было нажать на кнопку дважды. Это задаётся в настройках таймера или нужен дополнительный код?

Значение compare1a.Неужели вас так заинтересовал мой код?Я привел его в пример, чтобы вы лучше поняли процесс.Эту задачу лучше решить, используя циклы и IF, так легче будет избавиться от дребезга программно.